水污染问题是目前人类关心的环境问题之一，污水处理成为环保的一大课题。传统的污水处理效率低、处理成本高、容易产生新的污染源，人们试图寻找新的方法来处理污水。酶作为一种高效的生物催化剂进入了人们的视野。近年来，人们对酶处理各类污水进行了探索性的研究。
1、酶在造纸和制浆工业废水处理中的应用
在造纸废水中，含有大量的白土混合的胶状物和淀粉，用固定化的α-淀粉酶可以持续水解这种废水中的胶状淀粉，使原先悬浮着的纤维容易沉淀下来，易于分离除去。在纸张漂白过程中由于加入氯和氯化物可引起环境污染。用酶预处理纸浆,能降低氯耗量和可吸附有机卤化物的排放量，从而减少废水排放对水体的污染。
2、 酶在食品工业废水处理中的应用
用固定化蛋白酶对粮食加工废水预处理，废水中不易生化降解的大分子转化为易于生物降解的小分子，扩大了后续工艺选择的范围。淀粉酶处理加工大米的废水，可使废水中的淀粉转化为多糖、单糖，同时伴随发酵过程的进行，将其中的淀粉等有机物转化为酒精。用a-淀粉酶和葡萄糖淀粉酶处理小麦淀粉废水，既对废水进行了净化。又利用此废水生产单细胞蛋白。
3、酶在极端环境下处理废水的应用
有些酶具有嗜热性、嗜碱性、耐有机溶剂的特点，利用它们的这些特性，可对极端环境下的废水进行处理。利用嗜高温菌产生的嗜热酶对焦化厂排放的温度较高废水进行处理，可高效的去除废水中的酚、氰等污染物。用嗜碱酶对洗涤剂工业、印染工业和造纸工业产生的的大量碱性废水进行处理，降低废水的PH值。有些酶在有机溶剂中能催化硝基转移、硝化、硫代硝基转移、酚类的选择性氧化和醇类的氧化作用。
酶在污水处理中的应用的研究还有很多，酶被固定化后，其性质稳定且可重复利用，用酶处理废水效率高、能耗低且不会产生新的污染源，用酶处理污水的诸多优势使酶在污水处理方面具有良好的发展前景。