由于可以降解生物毒液中的蛋白毒素，木瓜蛋白酶可以在家庭治疗被水母、蜜蜂、黄蜂等蛰伤或被魔鬼鱼刺伤的情况。它也是在澳大利亚流行的急救药“Stop Itch”和“Stop Itch Plus”中的主要成分。
3. 日化用品行业
木瓜蛋白酶也经常被运用在化妆品与保养品之中，如深层洁肤露、毛孔净化角质凝胶等等，当中含有维生素 C ，能帮助制造可使肌肤紧致的胶原，含有帮助消除皱纹的消化酵素，可以帮助重建皮肤里的弹性蛋白使皮肤重新恢复弹性、去除角质、头发调理，借由水解的作用方式软化、分解角质蛋白。
4. 饲料工业应用
用于饲料添加剂，开发蛋白源，利于吸收，提高饲料的利用率，节约成本，有助于牲畜消化，加速生长。如在猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅、鱼、虾等饲料中添加。还可以作为蔬菜水果高级复合肥料的添加剂。
5. 皮革工业应用
利用木瓜蛋白酶制成脱毛剂，鞣制皮革，具有毛孔细腻，皮纹光亮效果。
三、应用前景展望
随着食品工业、饲料工业以及医药、日化品工业的发展，木瓜蛋白酶的应用越来越广泛， 酶制剂生产企业不断提高木瓜蛋白酶品质，为行业发展提供优良的催化剂。