木聚糖酶在酿造以及烘焙中应用广泛，可以提高原料利用率，改善产品品质。在酿酒行业中, 作为原料的粮食的淀粉层有纤维素和木聚糖等半纤维素的结合, 从而影响到对淀粉的利用率。利用木聚糖酶作用于半纤维素层, 降低物料粘度, 可以有利于淀粉酶作用于淀粉层, 提高淀粉利用率, 增加酒精的产率。
在啤酒生产中，木聚糖酶提高酒液澄清度。啤酒生产原料中由于β-葡聚糖和木聚糖含量较高,造成麦汁过滤困难,酒液混浊等问题。为解决这些问题需要大量的资金和技术投入,这样就增加了啤酒的生产成本。而木聚糖酶可以和β-葡聚糖酶协同作用,可提高酒液的澄清度, 降低酿酒成本。
在烘焙方面，木聚糖酶主要应用于烘焙产品制作过程及防止老化等。
1. 应用于制作过程
木聚糖酶通过提高面团的产气和持气能力,使面包的体积增加,而且使面包组织细腻、气孔均匀且口感良好，可优化了的面筋网络,能更有效的减缓面包皮水分的挥发, 提高产品品质。
2. 防止老化
木聚糖酶应用在面包、馒头、蛋糕等小麦食品中,通过改善面团的持水性和面筋结构进而改善其品质,并延长其货价期。
3 在果、蔬汁的榨取和澄清中的应用
通过对适合工业生产用的果胶酶、纤维素酶、半纤维素酶和水果组分的深入研究，克服了过滤和澄清的困难。目前，已将果胶酶、纤维素酶和木聚糖酶等联合使用于果、蔬榨取和澄清过程中，并防止了烟雾状沉淀的形成。