菠萝蛋白酶是一种植物蛋白酶，能够将饲料中的蛋白质转化成易于动物吸收的多肽和小肽，提高饲料的转化率，从而减轻养殖对环境的污染。菠萝蛋白酶对致病菌引起的腹泻也有一定的治疗效果，避免抗生素带来的负面影响，改善动物的生长性能，抵御寄生虫对动物的伤害；并且生产菠萝蛋白酶的资源丰富。菠萝蛋白酶作为一种可改善饲料蛋白质消化率、动物抗病力和生产性能等的饲料添加剂，具有以下优点：
一.提高抗病力
菠萝蛋白酶能够提高动物的免疫力和抗病能力。治疗某些致病菌引起的腹泻，与抗生素一起使用能够增强疗效，减少抗生素使用，且具有一定的抗菌能力，降低人与动物患病的几率，减少对环境的压力，有助于生态和谐。
二.生产菠萝蛋白酶的原料充足
菠萝在世界范围内的栽培量及产量都很可观，湛江市徐闻县每年产量就达40多万吨，占全国产量的三分之一。因此，将菠萝生产的下脚料以及菠萝根茎等用作菠萝蛋白酶生产的原料，可提高菠萝的利用率，产生更高的经济效益。
三.活性高、抗逆性强
菠萝蛋白酶具有较强的蛋白酶活性，有助于饲料中蛋白质的降解，从而提高饲料蛋白质的可消化性，改善动物的生长性能，抵御寄生虫对动物的伤害。同时，菠萝蛋白酶在消化道内能保持一定的活力，可经受胃酸和胃蛋白酶的作用，且在伴有碱性物质服用时的酶活力更强 。
四.安全性高。
菠萝蛋白酶安全性已受到时间的考验,其在医药及食品上的应用已有很长的历史,鲜见有关毒性的报道。与抗生素相比，菠萝蛋白酶的使用不会引起病原菌的耐药性，也没有残留问题。
菠萝蛋白酶应用在饲料上的优势是原料充足、提高抗病力、高效安全等，因此，菠萝蛋白酶在饲料工业上具有较高的应用价值和发展潜力，是一种理想的抗生素替代型饲料添加剂。