随着工业化和现代化高速发展，环境污染问题已日减严重，传统的污染治理方法自身存在诸多缺陷，解决环境污染问题急需新的技术和工艺。以环境生物技术为新技术体系解决环保污染的保护环境成为当今乃至未来发展的方向，酶逐步闯进了人们的视野，人们开始了酶与酶技术的开发与应用。利用酶的催化特性对对象进行有用物质的生产，在环保领域，用酶分解有害废弃物。其在环境保护方面的优势主要表现在以下几个方面：
第一方面，酶在工业生产领域的应用，有利于实现工艺过程生态化或无废生产。传统产品加工过程中，由于化学品的使用，伴随生产带来废水、废气、废渣等工业污染。用酶来替代化学品即为生物过程代替化学过程，它作用反应温和，可以降低生产活动中的污染水平。另外酶作为专一安全的生物催化剂，它只对产品的内容起作用，不会与其他的物质反应而产生副产品，使产品生产过程中产生的污染大大减少，有利于保护环境。所以酶在工业生产中的使用有利于实现工艺过程生态化或无废生产，可达到清洁生产的目标。
第二方面，酶应用在环保方面具有高效、快速、可靠的优点。酶的反应条件温和，专一性强，催化效率高等自身的特点，决定了在分解有害废弃物时对污染物处理和环境监测具有高效、快速、可靠的优点。
由于酶在环保方面的诸多优势，环保领域酶和酶技术越来越被人们重视和应用，通过系统方法，对高效酶类的开发和选用、酶固定化技术的应用，酶生物反应器的研究与制造已解决环境污染中的一些问题。因此，酶生物工程技术在环境治理领域具有非常广阔的应用前景，其必将产生很大的经济效益和社会效益。